Isi Logo Universitas Annuqayah adalah representasi dari unsur
Kepesantrenan, Lingkungan dan Integrasi Keilmuan
Inisial Huruf U melambangkan Universitas yang berbentuk Bunga memiliki arti pertumbuhan dan perkembangan ke arah yang lebih baik.
Inisial huruf A untuk Annuqayah berbentuk kubah dengan makna perguruan tinggi berbasis pesantren yang ada di bawah naungan Yayasan Annuqayah.
Bentuk bintang bermakna ketuhanan yang maha esa atau cahaya dalam kegelapan. Diharapkan menjadi perguruan tinggi yang mencerahkan kehidupan dengan keimanan yang kuat.
Bentuk kitab dan Al-Quran sebagai sumber utama untuk memperoleh ilmu pengetahuan. Juga terbagi empat bagian sebagai perguruan tinggi dengan pemahaman empat imam madzhab.
Bentuk daun melambangkan perguruan tinggi yang memiliki kepedulian terhadap lingkungan hidup.
Bentuk tetesan air yang menyejukkan, melambangkan perguruan tinggi dengan pemahaman Islam Rahmatan lil’alamin.